Νέος επικεφαλής της εκκλησίας της Κρήτης είναι ο μέχρι πρότινος Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Ευγένιος. Υπενθυμίζεται πως σήμερα, συνεδρίασε η Αγία και Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου μετά τη συνεδρίαση της 28ης Δεκεμβρίου όπου καταρτίστηκε το τριπρόσωπο από τον Μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Ευγένιο, τον μητροπολίτη Κισάμου και Σελίνου Αμφιλόχιο και τον μητροπολίτη Πέτρας και Χερρονήσου Γεράσιμο.
Ο Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου, υπέρτιμος και έξαρχος Άνω Κρήτης και Πελάγους Κρητικού κ.κ. Ευγένιος, κατά κόσμον Ευάγγελος Αντωνόπουλος, γεννήθηκε στο Ηράκλειο στις 14 Φεβρουαρίου 1968.
Μετά τις εγκύκλιες σπουδές του, φοίτησε στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, απ’ όπου έλαβε το πτυχίο του τον Μάιο του 1990. Το 1992 περάτωσε τα μαθήματα του κλάδου Ιστορικής Θεολογίας του τμήματος Μεταπτυχιακών Σπουδών της Θεολογικής Σχολής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
Η μοναχική του κουρά έγινε στην Ιερά Μονή Αγίου Γεωργίου Σελλινάρι στις 23η Φεβρουαρίου 1991 από τον αοίδιμο Γέροντά του, Μητροπολίτη Πέτρας και Χερρονήσου Νεκτάριο, ο οποίος τον χειροτόνησε διάκονο στις 24 Φεβρουαρίου 1991 στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Μεγάλης Παναγίας Νεαπόλεως και πρεσβύτερο στον Ιερό Ναό της του Θεού Σοφίας Βραχασίου στις 3 Μαρτίου 1991.
Διορίσθηκε Ιεροκήρυκας της Ιεράς Μητροπόλεως Πέτρας και έλαβε το οφίκιο του Αρχιμανδρίτη στις 24 Δεκεμβρίου 1991. Από το 1994 διακόνησε ως εφημέριος στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Μεγάλης Παναγίας Νεαπόλεως και από το 1997 ανέλαβε την διεύθυνση του Εκκλησιαστικού Πνευματικού Κέντρου του Αγίου Νικολάου. Έχει διατελέσει Αντιπρόεδρος του Συνδέσμου Κρητών Θεολόγων (1995 –1997), Αντιπρόεδρος της Εταιρείας Προστασίας Ανηλίκων και της Εταιρείας Αποφυλακιζομένων Νομού Λασιθίου, Μέλος του Δ.Σ. της Εταιρείας Στήριξης ατόμων με ειδικές ανάγκες της Περιφέρειας Κρήτης «Ὁ Άγιος Τίτος» και Πρόεδρος του Σωματείου «Οι φίλοι του παιδιού Κρήτης», το οποίο εδρεύει στη Νεάπολη.
Μητροπολίτης Ρεθύμνης κι Αυλοποτάμου, Ευγένιος
Στις 6 Ιουνίου 2001 διορίσθηκε Υπογραμματέας της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου της Εκκλησίας Κρήτης και το 2004 ανέλαβε την Διεύθυνση Συντάξεως του Επίσημου Δελτίου της Εκκλησίας Κρήτης «Απόστολος Τίτος». Η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκκλησίας Κρήτης στις 26η Μαΐου 2005 τον εξέλεξε παμψηφεί στη θέση του Επισκόπου Κνωσού και στη θέση του Αρχιγραμματέα της. Η Χειροτονία του τελέσθηκε στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνα στο Ηράκλειο το Σάββατο 28 Μαΐου 2005.
Η παμψηφεί εκλογή του ως Μητροπολίτου Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου έγινε στις 9 Σεπτεμβρίου του 2010 και ἡ ενθρόνιση του πραγματοποιήθηκε στις 16 Οκτωβρίου 2010. Από το Μάρτιο του 2011 έως το τέλος Φεβρουαρίου του 2012 και από τον Σεπτέμβριο του 2013 έως το τέλος Αυγούστου του 2014 κλήθηκε υπό της Αυτού Θειοτάτης Παναγιότητος, του Οικουμενικού Πατριάρχου κ.κ. Βαρθολομαίου, ως μέλος της Αγίας και Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου.